Yu Quan

In dit proefschrift is een veelheid gegevens over ecologie, fylogenie en genomics over de orde Chaetothyriales bijeen gebracht en geanalyseerd om de evolutionaire route van deze fungi te kunnen begrijpen. Hierbij is bijzondere aandacht besteed aan vroegste evolutie en oorsprong van ziekteverwekkende eigenschappen voor de mens. Onze hypothese is dat de associatie van zwarte gisten met mieren belangrijke aanwijzingen bevat, als een vroeg stadium in een evolutie waarin stoffen met antimicrobiële eigenschappen een rol spelen.

In Hoofdstuk 1 is een algemene inleiding op het proefschrift, waarin vijf aspecten worden behandeld: taxonomie, ecologie, genomics, en pathologie van de Chaetothyriales, en in het bijzonder de relatie tussen stoffen met antibiotische werking en pathogeniteit.

In Hoofdstuk 2 worden drie methoden voor het in cultuur brengen van zwarte gisten uit de omgeving vergeleken. Selectieve isolatie met aromatische koolwaterstoffen blijkt een effectieve methode om de groei van algemene microbiële contaminanten te remmen, zodat de zwarte gisten tevoorschijn komen. We hebben een geminiaturiseerde versie gemaakt van een bestaande methode waarmee grote hoeveelheden monsters te analyseren zijn. Deze procedure bespaart tijd en ruimte, en kan verschillende monstertypen naast elkaar vergelijken.

Hoofdstuk 3 vergelijkt alle beschikbare soorten in de Chaetothyriales aan de hand van ITS en LSU sequenties, met een reconstructie in de vorm van een fylogenetische boom. Hieraan is ecologische informatie toegevoegd, alsmede geschatte tijd van evolutie met reconstructie van voorouder-eigenschappen. Tevens is een overzicht gemaakt van de nomenclatuur.

Hoofdstuk 4 beschrijft twee nieuwe soorten geïsoleerd uit karton-nesten van mieren. Twee stammen uit nesten in Thailand en Maleisië bleken tot twee verschillende onbeschreven soorten te behoren. Morfologie, fysiologie en fylogenie wordt beschreven met basale genoom-data als ondersteuning voor de classificatie. De soorten zijn geïntroduceerd in een nieuw geslacht, als Incumbomyces delicatus en I. lentus.

Hoofdstuk 5 bevat een genomische vergelijking van een aantal mier-geassocieerde soorten zwarte gisten in domatia met die in karton-nesten. Genomische data van voorouder-soorten zijn van nut om de hypothetische vroege evolutionaire route van de soorten in Chaetothyriales te verbeteren, waarbij de associatie met mieren en hun omgang met onder meer aromatische koolwaterstoffen van belang is.

Hoofdstuk 6 bevat een finale discussie en conclusie. Als geheel bevatten de hoofdstukken een gedetailleerde beschrijving van de specifieke diversiteit in de Chaetothyriales, en hun unieke evolutie in de richting van het ontstaan van pathogeniteit voor de mens.