Ayla Hesp

dat er oververtegenwoordiging optreedt in de steekproef van de AMR monitoring, die de waargenomen trends zou kunnen beïnvloeden. Als gevolg van de gebruikte methode (WGS met korte genetische fragmenten, oftewel ‘short reads’) werd maar voor enkele resistentiegenen een verband aangetoond tussen resistentiegenen en hun specifieke genetische locatie op plasmiden. Bij toepassen van WGS voor AMR monitoring bevelen we daarom aan ‘short read’ sequencing te combineren met ‘long read’ sequencing, zodat dat verband vaker kan worden aangetoond.

In dit proefschrift concluderen we dat het monitoren in E. coli een bruikbare indicatie oplevert van AMR in een dierpopulatie, vooropgesteld dat de steekproeven representatief zijn voor de gemonitorde populatie en dat de juiste statistische methoden worden gebruikt voor de evaluatie en interpretatie. Zoals we laten zien helpt het randomiseren van een steekproef om trends te kunnen monitoren over de tijd. Andere steekproeven, zoals een risico-gebaseerde steekproef (bijvoorbeeld van zieke dieren), zijn nuttig om zeldzame of opkomende resistentievormen te monitoren. Deze dienen wel naast een gerandomiseerde steekproef te worden gebruikt om te zorgen dat gemonitorde trends in AMR representatief zijn voor de gehele dierpopulatie.

Om de interpretatie van AMR monitoring data verder te verbeteren moeten de kwantitatieve analyses zoals hier toegepast, worden ingebed in routinemonitoring. Des te meer omdat in de toekomst de hoeveelheid data en de complexiteit ervan nog verder toe zal nemen. De statistische benaderingen in dit proefschrift kunnen worden gevalideerd door ze te testen op AMR data van andere landen. Verder bevelen we aan om in de toekomst AMR monitoring meer te evalueren en om analysemethoden voor uitkomsten van AMR monitoring ook te harmoniseren, zoals dat al gedaan is voor de gebruikte laboratoriummethoden.