{"id":4889,"date":"2026-03-03T14:03:47","date_gmt":"2026-03-03T14:03:47","guid":{"rendered":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/portfolio\/alan-moran\/"},"modified":"2026-03-18T08:48:23","modified_gmt":"2026-03-18T08:48:23","slug":"alan-moran","status":"publish","type":"us_portfolio","link":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/portfolio\/alan-moran\/","title":{"rendered":"Alan Moran"},"content":{"rendered":"","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"author":8,"featured_media":4891,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"us_portfolio_category":[45],"class_list":["post-4889","us_portfolio","type-us_portfolio","status-publish","has-post-thumbnail","hentry","us_portfolio_category-new-template"],"acf":{"naam_van_het_proefschift":"Glyco(proteo)mic Workflows for Cancer Biomarker Discovery","samenvatting":"Zowel in het geval van prostaatkanker (PCa) als bij dikkedarmkanker (CRC) is er een klinische behoefte aan verbeterde methoden voor pati\u00ebntstratificatie met betrekking tot diagnose en prognose. Het meten van ziekte-gerelateerde parameters, dat wil zeggen \u201cbiomarkers\u201d, in lichaamsvloeistoffen is een manier om aan de hand van een niet-invasieve test met verbeterde nauwkeurigheid te komen tot \u201cpersonalized medicine\u201d (zorg-op-maat). Het doel van het onderzoek dat is beschreven in dit proefschrift was het verkrijgen van meer inzicht in biomarkers die relevant zijn in PCa danwel CRC en daarnaast het ontwikkelen van analytische methoden ten behoeve van ontdekking van nieuwe biomarkers. Voor PCa en CRC werden respectievelijk profielen van prostaat-specifiek antigeen (PSA) en serum N-glycosylering bestudeerd met behulp van capillaire elektroforese electrospray ionisatie massaspectrometrie (CE-ESI-MS) en \u201creversed phase\u201d vloeistofchromatografie (RPLC)-MS.\n\nIn het eerste deel van dit proefschrift (Hoofdstukken 2 en 3) zijn intacte proteovormprofielen van PSA uit urine en uit semen onderzocht aan de hand van CE-ESI-MS. In Hoofdstuk 2 is een CE-ESI-MS methode beschreven die meting van PSA-proteovormen laat zien, waarvan structuren eerder slecht gedefinieerd waren. Terwijl in deze eerdere studies de focus vaak lag op glycosylering wordt in dit hoofdstuk zowel de glycosylering als het proteovormprofiel van PSA beschreven. Proteovormen die eerder werden gerapporteerd als \u201cpI isovormen\u201d zijn in Hoofdstuk 2 in detail gekarakteriseerd als specifiek geknipte proteovormen. Vervolgens is in Hoofdstuk 3 beschreven welke stappen genomen dienen te worden bij het verwerken van data van intacte proteovormen, en daarbij is een semi-geautomatiseerde kwantificering voorgesteld die de snelheid en nauwkeurigheid van de strategie vergroot. Bij deze analyses zijn gedetailleerde \u201cbottom-up\u201d en \u2018middle-up\u201d benaderingen ge\u00efntegreerd, waarmee toekenningen van PSA proteovormen verder bevestigd werden. Tevens is vastgesteld dat verschillende integratiestrategie\u00ebn (electropherogram versus deconvolutie) vergelijkbare resultaten opleverden bij de bepaling van relatieve kwantificering van PSA proteovormen. Samenvattend is deze methode nu gereed voor de analyse van grotere pati\u00ebntaantallen en kunnen onze resultaten dienen als startpunt voor toekomstige studies aan PSA proteovormen.\n\nIn het tweede deel van dit proefschrift (Hoofdstukken 4 en 5) wordt het potentieel van serum N-glycosylering als biomarker voor CRC bestudeerd. Hiervoor waren belangrijke ontwikkelingen noodzakelijk zoals beschreven in Hoofdstuk 4, bestaande uit koppeling van glycaanstructuren met een fluorescent label (procainamide) gecombineerd met siaalzuurderivatisering. Hierdoor kunnen N-glycanen geanalyseerd worden met behulp van RPLC-MS en kunnen \u03b12,3- en \u03b12,6-gesialyleerde isomeren van elkaar gescheiden worden, evenals specifieke antennaire en core-gefucosyleerde structuren. De inzet van een fluorescent label maakt hierbij een nieuwe kwantificeringsmethode mogelijk voor het bepalen van de verschillende glycanen. Er wordt aangetoond dat de precisie van de methode verbetert en het aantal geanalyseerde structuren toeneemt in vergelijking tot wanneer slechts MS voor detectie wordt ingezet. Tenslotte worden de prestaties van de methode vergeleken met de gouden standaard voor glycaananalyse, namelijk HILIC-MS.\n\nIn Hoofdstuk 5 wordt deze methode ingezet voor de analyse van serum N-glycosyleringsprofielen van CRC pati\u00ebnten v\u00f3\u00f3r en na chirurgische ingreep, en de resultaten worden vergeleken (en bevestigd) door eerder werk aan ditzelfde cohort. Nieuwe resultaten laten zien dat specifieke structuren zoals drievoudig gesialyleerde glycanen met antenne-fucosylering correleren met CRC. Daarnaast wordt beschreven dat specifieke structuren correleren met verschillen in histologie van de tumor en dat deze verschillen post-operatief verdwijnen. Geconcludeerd wordt dat deze resultaten een sterke aanmoediging om serum N-glycosyleringsprofielen in te zetten bij het volgen van pati\u00ebnten tijdens therapie.\n\nIn Hoofdstuk 6 worden tenslotte de uitdagingen en beperkingen van het hier beschreven onderzoek bediscussieerd. De richting van toekomstig onderzoek wordt beschreven, met name over PSA proteovormen en serum N-glycosyleringsprofielen. Belangrijk hierbij is dat de vooruitzichten voor translatie van resultaten en methoden naar de kliniek in ogenschouw worden genomen.","summary":"In prostate (PCa) and colorectal (CRC) cancer, there is a need to improve patient stratification techniques that aid diagnostic and prognostic decision-making. To fulfill this unmet clinical need, the measurement of disease-related biological parameters known as \u201cbiomarkers\u201d from biofluids is an approach with the potential to develop non-invasive tests as well as achieve greater clinical accuracy and personalized medicine. Thus, the aim of this thesis was to develop a better understanding of biomarkers relevant to PCa and CRC as well as advancing analytical methodology and achieving methodological advancements for the purpose of biomarker discovery. In this regard, prostate-specific antigen (PSA) proteoform (PCa) and serum N-glycosylation (CRC) profiles were investigated using capillary electrophoresis-electrospray ionization-mass spectrometry (CE-ESI-MS) and reversed phase-liquid chromatography (RPLC)-MS, respectively.\n\nIn part one of this thesis (Chapters 2 and 3), the intact proteoform profile of both urinary and seminal prostate-specific antigen (PSA) was explored using CE-ESI-MS. Chapter 2 focused on the development of the CE-ESI-MS method in order to explore urinary PSA proteoforms, in particular as these forms had previously not been well defined. In addition, previous studies often focused on further defining the glycosylation \u2013 rather than the proteoform \u2013 profile whereas both were equally assessed here. Furthermore, proteoforms had largely been described solely as \u201cpI isoforms\u201d whereas the assignment of cleaved proteoforms is provided in Chapter 2. Additionally, Chapter 3 addressed some of the challenges associated with the data processing of intact proteoforms, namely semi-automatic proteoform annotation and quantification, thereby enhancing the throughput and accuracy of the workflow. Interestingly, in-depth bottom-up and middle-up approaches were integrated into the analysis in order to further support proteoform assignment in seminal and urinary PSA. Furthermore, it was also shown that extracted ion electropherogram and deconvolution approaches yielded similar quantification results with respect to the relative abundance of PSA proteoforms. Overall, the method is now poised for the analysis of a larger number of patient samples and our results may inform future studies regarding this protein\u2019s proteoforms as well as any related clinical implications thereof.\n\nIn part two (Chapters 4 and 5), the potential of serum N-glycosylation as a biomarker for CRC was investigated. In this sense, important developments to the methodology were made in Chapter 4. Here, fluorescent labeling of total plasma released N-glycans via procainamide was combined with sialic acid-specific derivatization via ethyl esterification and amidation. This allowed the retention of all N-glycan species by RPLC-MS and, in particular, \u03b12,3- and \u03b12,6-sialylated N-glycans were differentiated based upon retention time, precursor mass, and fragmentation spectra, and additional sialylated isomers were resolved. Other isomeric species such as antennary and core-fucosylated N-glycans were also separated. In addition, a new quantification approach was derived by combining the fluorescent detection signal with N-glycan ratios determined by MS. This improved feature coverage as well as the precision of the method in comparison with performing either quantification approach alone. Finally, the performance of the method was benchmarked against the gold-standard method for released glycan analysis, namely HILIC-MS.\n\nChapter 5 demonstrated the application of the developed method in order to analyze serum N-glycosylation from pre- and post-operative CRC. In this chapter, previous findings with regard to specific glycosylation patterns in CRC were corroborated. In addition, new results were obtained as it was demonstrated that specific N-glycan isomers, such as a trisialylated structure with antennary fucosylation, are implicated in the disease. It was also illustrated that pre-operative abundances of serum N-glycans may differentiate adenocarcinoma from other histological types and, in particular, differences between histological types were eradicated following surgery. Thus, these results promote the use of serum N-glycosylation signatures in order to monitor patient profiles in response to clinical interventions such as surgery.\n\nIn Chapter 6, the challenges and limitations of the presented work were discussed. In addition, future directions with regard to the biomarkers assessed in this thesis, namely PSA proteoforms and total serum N-glycosylation, were explored. Importantly, perspectives were provided on the translation of the results and methods described by this thesis to the clinics.","auteur":"Alan Moran","auteur_slug":"alan-moran","publicatiedatum":"1 november 2023","taal":"EN","url_flipbook":"https:\/\/ebook.proefschriftmaken.nl\/ebook\/alanmoran?iframe=true","url_download_pdf":"https:\/\/ebook.proefschriftmaken.nl\/download\/956b53fb-a659-4e30-84dc-c417eca2384b\/optimized","url_epub":"","ordernummer":"FTP-202603030811","isbn":"978-94-6469-630-1","doi_nummer":"","naam_universiteit":"Universiteit Leiden","afbeeldingen":4891,"naam_student:":"","binnenwerk":"","universiteit":"Universiteit Leiden","cover":"","afwerking":"","cover_afwerking":"","design":""},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/4889","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/us_portfolio"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/users\/8"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=4889"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/4889\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":4892,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/4889\/revisions\/4892"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media\/4891"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=4889"}],"wp:term":[{"taxonomy":"us_portfolio_category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio_category?post=4889"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}