{"id":28485,"date":"2026-10-27T13:33:42","date_gmt":"2026-10-27T12:33:42","guid":{"rendered":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/portfolio\/sasiwimon-siricharoen\/"},"modified":"2026-10-31T11:41:22","modified_gmt":"2026-10-31T10:41:22","slug":"sasiwimon-siricharoen","status":"publish","type":"us_portfolio","link":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/portfolio\/sasiwimon-siricharoen\/","title":{"rendered":"Sasiwimon Siricharoen"},"content":{"rendered":"","protected":true},"featured_media":28486,"template":"","meta":{"_acf_changed":false},"university_us_portfolio":[29],"class_list":["post-28485","us_portfolio","type-us_portfolio","status-publish","post-password-required","hentry","university_us_portfolio-wageningen-university"],"acf":{"main_text":"","naam_van_het_proefschift":"Hidden allies:","samenvatting":"Zaden vormen een kritieke fase in de levenscyclus van planten en ondersteunen de reproductie, verspreiding en succesvolle vestiging van nieuwe planten. Naast hun rol in de plantontwikkeling herbergen zaden diverse microbi\u00eble gemeenschappen die dienen als het eerste microbi\u00eble inoculum van planten en de kieming, zaailingvestiging en stressaanpassing kunnen be\u00efnvloeden. Ons begrip van hoe deze gemeenschappen worden samengesteld, overgedragen tussen generaties en bijdragen aan de plantprestaties is echter nog beperkt. Dit proefschrift onderzocht de invloed van omgevingsomstandigheden en het genotype van de gastheer op de samenstelling van het zaadmicrobioom, verkende de rol van wilde zaad-geassocieerde micro-organismen als reservoirs van gunstige eigenschappen, en onderzocht de effecten van vluchtige organische stoffen (VOC's) afkomstig van zaadendofyten op zaadkieming, zaailinggroei en de reacties van planten op abiotische stress. Door microbi\u00eble gemeenschapsprofilering, cultuurafhankelijke benaderingen, kiemingstesten en transcriptoomanalyses te integreren, biedt dit werk nieuwe inzichten in de factoren die zaadmicrobiomen vormen en hun potenti\u00eble bijdragen aan de vestiging en stressbestendigheid van planten.\n\nHoofdstuk 1 gaf een algemene inleiding over zaadkieming en zaailingvestiging, het plant- en zaadmicrobioom, microbi\u00eble vluchtige organische stoffen (VOC's) en plant-microbe interacties. In dit hoofdstuk werden de factoren belicht die de samenstelling en overdracht van het zaadmicrobioom be\u00efnvloeden, evenals de rol van zaad-geassocieerde micro-organismen bij de vroege plantontwikkeling en stressaanpassing, en de potenti\u00eble bijdrage van microbi\u00eble VOC's aan plantreacties onder abiotische stress. Ook werden de doelstellingen van het proefschrift en het algemene experimentele kader gepresenteerd.\n\nHoofdstuk 2 onderzocht hoe het groeisubstraat en het genotype van de gastheer de microbi\u00eble gemeenschappen van zaadendofyten en de zaadkieming be\u00efnvloeden gedurende drie opeenvolgende generaties van Arabidopsis thaliana onder gecontroleerde kasomstandigheden. Planten werden gekweekt op substraten die verschilden in microbi\u00eble diversiteit, en nakomelingen van de zaden werden ge\u00ebvalueerd op kieming onder zoutgehalte en osmotische stress. De resultaten lieten zien dat zaadmicrobiomen primair gevormd werden door een stabiele, verticaal overge\u00ebrfde kerngemeenschap, terwijl groeisubstraat en gastheergenotype bijdroegen aan variatie in de samenstelling van de gemeenschap. Gunstige melkzuurbacteri\u00ebn, waaronder leden van het geslacht Carnobacterium en de orde Lactobacillales, waren verrijkt in zaden van niet-steriele veldbodems en werden geassocieerd met een verbeterde kieming onder stressomstandigheden. Samen tonen deze bevindingen aan dat de samenstelling van het zaadmicrobioom wordt gevormd door de wisselwerking tussen verticale en horizontale microbi\u00eble transmissie, gastheergenotype en omgevingsomstandigheden.\n\nHoofdstuk 3 onderzocht de effecten van vluchtige organische stoffen (VOC's) geproduceerd door Pantoea agglomerans E44, een zaadendofyt ge\u00efsoleerd uit wilde kool, op de kieming van Arabidopsis-zaden en de groei van zaailingen onder abiotische stress. Blootstelling aan E44-VOC's verbeterde de kieming en de vroege ontwikkeling van zaailingen onder zout- en osmotische stress, hoewel de omvang van deze effecten varieerde tussen genotypes. Transcriptoomanalyses van ge\u00efmbibeerde zaden onthulden dat zoutstress de belangrijkste drijfveer was voor veranderingen in genexpressie, terwijl de directe transcriptionele reacties op E44-VOC's relatief beperkt waren. Met name verzachtten E44-VOC's veel door zout ge\u00efnduceerde transcriptionele reacties, in het bijzonder genen geassocieerd met ribosoombiogenese, rRNA-verwerking en eiwitsynthese, wat suggereert dat microbi\u00eble vluchtige stoffen helpen bij het in stand houden van groeigerelateerde cellulaire processen onder stress. Daarnaast bevorderde blootstelling aan VOC's de expressie van genen die betrokken zijn bij stressaanpassing en afweerreacties. Samen leveren deze bevindingen moleculair bewijs dat zaden microbi\u00eble vluchtige signalen kunnen waarnemen en erop kunnen reageren tijdens imbibitie, en dat microbi\u00eble vluchtige signalering sommige moleculaire effecten van zoutstress tijdens de kieming kan verlichten.\n\nHoofdstuk 4 onderzocht zaad-geassocieerde bacteri\u00eble gemeenschappen in wilde Arabidopsis thaliana-populaties verzameld verspreid over Spanje en vergeleek deze met uit de kas afkomstige zaadmicrobiomen. De resultaten toonden aan dat de samenstelling van het zaadmicrobioom sterk be\u00efnvloed werd door de groeiomgeving van de moederplant, waarbij wilde populaties diversere en populatiespecifieke bacteri\u00eble gemeenschappen herbergden dan in de kas gekweekte planten. Ondanks deze verschillen bleef een klein maar geconserveerd kernmicrobioom behouden in alle populaties. Bovendien verbeterden kweekbare zaadendofyten Peribacillus frigoritolerans, ge\u00efsoleerd uit wilde populaties, de kieming van Arabidopsis-zaden onder osmotische stress via VOC-gemedieerde effecten. Samen tonen deze bevindingen aan dat omgevingsomstandigheden de samenstelling van het zaadmicrobioom sterk be\u00efnvloeden, terwijl een kleine geconserveerde kerngemeenschap behouden blijft in verschillende populaties, en ze onderstrepen dat wilde zaden waardevolle reservoirs zijn van gunstige micro-organismen.\n\nHoofdstuk 5 sloot dit proefschrift af met een algemene discussie over de belangrijkste bevindingen, hun ecologische en landbouwkundige implicaties, en de resterende kennishiaten, methodologische beperkingen en toekomstige onderzoeksrichtingen. Er werd ook aandacht besteed aan belangrijke uitdagingen die gepaard gaan met het bestuderen van zaadmicrobiomen met een lage biomassa, waaronder contaminatie met gastheer-DNA, kweekbias en de moeilijkheid om natuurlijke microbi\u00eble interacties onder gecontroleerde experimentele omstandigheden na te bootsen. Mogelijke toepassingen van gunstige zaad-geassocieerde micro-organismen, waaronder zaadcoating, biopriming, synthetische microbi\u00eble gemeenschappen en microbioom-ondersteunde plantenveredeling, werden eveneens besproken.","summary":"Seeds represent a critical stage in the plant life cycle, supporting reproduction, dispersal, and the successful establishment of new plants. Beyond their role in plant development, seeds harbour diverse microbial communities that serve as the first microbial inoculum of plants and can influence germination, seedling establishment, and stress adaptation. However, our understanding of how these communities are assembled, transmitted across generations, and contribute to plant performance remains limited. This thesis investigated the influence of environmental conditions and host genotype on seed microbiome composition, explored the role of wild seed-associated microorganisms as reservoirs of beneficial traits, and examined the effects of seed endophyte-derived volatile organic compounds (VOCs) on seed germination, seedling growth, and plant responses to abiotic stress. By integrating microbial community profiling, culture-dependent approaches, germination assays, and transcriptomic analyses, this work provides new insights into the factors shaping seed microbiomes and their potential contributions to plant establishment and stress resilience.\n\nChapter 1 provided a general introduction to seed germination and seedling establishment, the plant and seed microbiome, microbial volatile organic compounds (VOCs), and plant-microbe interactions. The chapter highlighted factors influencing seed microbiome assembly and transmission, the role of seed-associated microorganisms in early plant development and stress adaptation, and the potential contribution of microbial VOCs to plant responses under abiotic stress. It also presented the thesis objectives and overall experimental framework.\n\nChapter 2 investigated how growth substrate and host genotype influence seed endophytic bacterial communities and seed germination across three successive generations of Arabidopsis thaliana under controlled greenhouse conditions. Plants were grown on substrates differing in microbial diversity, and progeny seeds were evaluated for germination under salinity and osmotic stress conditions. The results showed that seed microbiomes were primarily shaped by a stable, vertically inherited core community, while growth substrate and host genotype contributed to variation in community composition. Beneficial lactic acid bacteria, including members of the genus Carnobacterium and the order Lactobacillales, were enriched in seeds from non-sterile field soils and were associated with improved germination under stress conditions. Together, these findings demonstrate that seed microbiome assembly is shaped by the interplay between vertical and horizontal microbial transmission, host genotype, and environmental conditions.\n\nChapter 3 examined the effects of volatile organic compounds (VOCs) produced by Pantoea agglomerans E44, a seed endophyte isolated from wild cabbage, on Arabidopsis seed germination and seedling growth under abiotic stress. Exposure to E44 VOCs enhanced germination and early seedling development under salinity and osmotic stress, although the magnitude of these effects varied among genotypes. Transcriptomic analyses of imbibed seeds revealed that salinity was the primary driver of gene expression changes, whereas direct transcriptional responses to E44 VOCs were relatively limited. Notably, E44 VOCs mitigated many salt-induced transcriptional responses, particularly genes associated with ribosome biogenesis, rRNA processing, and protein synthesis, suggesting that microbial volatiles help maintain growth-related cellular processes under stress. In addition, VOC exposure promoted the expression of genes involved in stress adaptation and defence responses. Together, these findings provide molecular evidence that seeds can perceive and respond to microbial volatile cues during imbibition and that microbial volatile signalling can alleviate some of the molecular effects of salinity stress during germination.\n\nChapter 4 investigated seed-associated bacterial communities in wild Arabidopsis thaliana populations collected across Spain and compared them with greenhouse-derived seed microbiomes. The results showed that seed microbiome composition was strongly influenced by the parental growth environment, with wild populations harbouring more diverse and population-specific bacterial communities than greenhouse-grown plants. Despite these differences, a small but conserved core microbiome was maintained across populations. Furthermore, culturable seed endophytes Peribacillus frigoritolerans, isolated from wild populations, enhanced Arabidopsis seed germination under osmotic stress through VOC-mediated effects. Together, these findings demonstrate that environmental conditions strongly influence seed microbiome composition, while a small conserved core community is maintained across populations, and highlight wild seeds as valuable reservoirs of beneficial microorganisms.\n\nChapter 5 concluded this thesis by providing a general discussion of the main findings, their ecological and agricultural implications, and remaining knowledge gaps, methodological limitations, and future research directions. It also highlighted important challenges associated with studying low-biomass seed microbiomes, including host DNA contamination, cultivation bias, and the difficulty of replicating natural microbial interactions under controlled experimental conditions. Potential applications of beneficial seed-associated microorganisms, including seed coating, biopriming, synthetic microbial communities, and microbiome-assisted breeding, were also discussed.","auteur":"Sasiwimon Siricharoen","auteur_slug":"sasiwimon-siricharoen","publicatiedatum":"9 november 2026","taal":"EN","url_flipbook":"https:\/\/ebook.proefschriftmaken.nl\/ebook\/sasiwimonsiricharoenproof?iframe=true","url_download_pdf":"https:\/\/ebook.proefschriftmaken.nl\/download\/4edaf8ac-c550-4d00-84d1-2cd4951ce552\/highres","url_epub":"","ordernummer":"19591","isbn":"","doi_nummer":"10.18174\/681394","naam_universiteit":"Wageningen University","afbeeldingen":28486,"video_url":"","podcast_url":"","naam_student:":"","binnenwerk":"","universiteit":"Wageningen University","cover":"","afwerking":"","cover_afwerking":"","design":""},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/28485","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/us_portfolio"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media\/28486"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=28485"}],"wp:term":[{"taxonomy":"university_us_portfolio","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/university_us_portfolio?post=28485"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}