{"id":26822,"date":"2026-09-01T13:06:59","date_gmt":"2026-09-01T11:06:59","guid":{"rendered":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/portfolio\/huifang-kang\/"},"modified":"2026-10-31T11:30:47","modified_gmt":"2026-10-31T10:30:47","slug":"huifang-kang","status":"publish","type":"us_portfolio","link":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/portfolio\/huifang-kang\/","title":{"rendered":"Huifang Kang"},"content":{"rendered":"","protected":false},"featured_media":26823,"template":"","meta":{"_acf_changed":false},"university_us_portfolio":[29],"class_list":["post-26822","us_portfolio","type-us_portfolio","status-publish","has-post-thumbnail","hentry","university_us_portfolio-wageningen-university"],"acf":{"main_text":"","naam_van_het_proefschift":"Multi-organ Transcriptomic Organization and Its Functional Modulation in Metabolic and Reproductive Systems","samenvatting":"Zoogdierweefsels worden gekenmerkt door zowel gedeelde als weefselgeassocieerde moleculaire programma's, die samen fundamentele biologische processen en gespecialiseerde fysiologische rollen ondersteunen. In reproductieve en metabole weefsels vertonen het mannelijk voortplantingsstelsel en vetweefsels van beide geslachten een uitgesproken ruimtelijke en functionele heterogeniteit, terwijl ze gemeenschappelijke transcriptomische kenmerken behouden over gerelateerde weefsels. Gerichte genetische perturbatie biedt de mogelijkheid om te onderzoeken hoe deze gedeelde en weefselspecifieke moleculaire programma's reageren op veranderde biologische omstandigheden. Een duidelijker begrip van de basale transcriptomische organisatie, samen met de gevolgen van gedefinieerd genverlies, is daarom essentieel voor het ophelderen van de gemeenschappelijke en weefselgeassocieerde regulatoire kenmerken die naast elkaar bestaan in zoogdiersystemen. In dit proefschrift werd transcriptomische profilering van wild-type weefsels, met een focus op genexpressie en alternatieve splicing, gecombineerd met op CRISPR\/Cas9 gebaseerde knockout-modellen om de transcriptomische organisatie onder fysiologische omstandigheden en transcriptionele reacties op genetische perturbatie in vivo te onderzoeken.\n\nDit proefschrift behandelde twee nauw verwante thema's. Het eerste was de karakterisering van transcriptomische variatie over wild-type muizenweefsels, inclusief de testis-epididymis-as en belangrijke vetdepots in beide geslachten, met bijzondere nadruk op genexpressie en alternatieve splicing. Het tweede was het onderzoek naar transcriptionele reacties op gerichte CD52-defici\u00ebntie in knockout-muizen in het mannelijk voortplantingsstelsel en de lever in beide geslachten. CD52 werd geselecteerd als het doelwitgen omdat het gerapporteerd is in reproductieve en immuuncontexten, en de resulterende moleculaire reacties werden verder onderzocht op gedeelde en weefselgeassocieerde reactiepatronen. Door beschrijvende transcriptomische analyses te integreren met genetische perturbatiestudies, beoogde dit proefschrift het moleculaire landschap te verbinden met functionele interpretatie.\n\nHoofdstuk 2 karakteriseerde het transcriptomische landschap van de wild-type muizentestis, caput epididymis, corpus epididymis en cauda epididymis. Vergelijkende analyses onthulden duidelijke regionale specialisatie langs het mannelijk voortplantingsstelsel op zowel genexpressie- als alternatieve splicingniveaus. De meest uitgesproken moleculaire overgang vond plaats tussen de testis en de caput epididymis, consistent met de overgang van spermatogenese naar post-testiculaire spermarijping. Alternatieve splicing was actief in alle vier de weefsels, terwijl de overlap tussen differentieel tot expressie gebrachte genen en differentieel gesplicete genen beperkt was, wat aangeeft dat transcriptionele en post-transcriptionele regulatie deels verschillende bijdragen leveren aan weefselspecialisatie. Deze bevindingen vormden een transcriptomisch kader voor het begrijpen van ruimtelijke regulatie en geco\u00f6rdineerde moleculaire overgangen langs het mannelijk voortplantingsstelsel van de muis.\n\nHoofdstuk 3 breidde de transcriptomische profilering uit naar de biologie van vetweefsel door de constructie van een meerlaagse atlas van drie belangrijke vetdepots: gonadaal wit vetweefsel (gWAT), inguinaal wit vetweefsel (iWAT) en interscapulair bruin vetweefsel (iBAT), in zowel mannelijke als vrouwelijke muizen. Ge\u00efntegreerde analyses van genexpressie, alternatieve splicing en co-expressiepatronen lieten zien dat transcriptomische verschillen tussen vetdepots binnen hetzelfde geslacht meer uitgesproken waren dan sekse-geassocieerde verschillen binnen hetzelfde depot, waarbij sekse-gerelateerde verschillen het meest evident waren in gWAT. Deze bevindingen benadrukten duidelijke meerlaagse transcriptomische patronen over vetdepots en seksen, waardoor het proefschrift werd uitgebreid buiten het voortplantingssysteem naar een breder beeld van weefselspecialisatie in de biologie van zoogdieren.\n\nHoofdstukken 4 en 5 onderzochten de transcriptomische gevolgen van CD52-defici\u00ebntie met behulp van door CRISPR\/Cas9 gegenereerde knockout-muizen. Hoofdstuk 4 richtte zich op regio-specifieke transcriptionele reacties op CD52-verlies in het mannelijk voortplantingsstelsel. CD52-knockout mannetjes bleven vruchtbaar en vertoonden geen duidelijke histologische afwijkingen; niettemin onthulde bulk RNA-sequencing duidelijke regio-geresolveerde transcriptomische veranderingen in de testis en epididymale segmenten. Vooral de corpus epididymis vertoonde een reactiepatroon dat afweek van de andere weefsels, wat de regionale heterogeniteit in de moleculaire gevolgen van CD52-verlies verder benadrukte. Hoofdstuk 5 onderzocht de effecten van CD52-deletie in de levers van mannelijke en vrouwelijke muizen. Er werd geen zichtbare leverschade of vetophoping waargenomen; transcriptomische profilering onthulde een breed vergelijkbare hepatische reactie in beide geslachten, gekenmerkt door consistente veranderingen in genen gerelateerd aan cytoskeletorganisatie en motorprote\u00efnefunctie. Samen toonden deze hoofdstukken aan dat deletie van een enkel gen duidelijke moleculaire reacties kan induceren die grotendeels gedeeld worden tussen weefsels, maar toch regio-specifieke kenmerken behouden, zelfs in de afwezigheid van duidelijke morfologische of reproductieve afwijkingen.\n\nHoofdstuk 6 integreerde deze bevindingen binnen een breder biologisch kader. De Algemene Discussie benadrukte dat genexpressie en alternatieve splicing twee regulatoire lagen vertegenwoordigen die bijdragen aan weefseldifferentiatie en functionele diversiteit, en dat op knockout gebaseerde transcriptomische analyses moleculaire gevolgen van genverlies aan het licht kunnen brengen die verder gaan dan overt fysiologische waarneming. In de studies gepresenteerd in dit proefschrift werden zowel de basale moleculaire organisatie als de reacties op genetische perturbatie be\u00efnvloed door weefselidentiteit en fysiologische context.\n\nAl met al demonstreert dit proefschrift de waarde van het combineren van transcriptomische karakterisering onder fysiologische omstandigheden met gerichte genetische perturbatie om weefselspecialisatie en moleculaire regulatie in zoogdiersystemen te helpen begrijpen. Door beschrijvende en functionele analyses over reproductieve, vet- en leverweefsels te koppelen, biedt dit werk een breder kader voor het onderzoeken van hoe weefselgeassocieerde moleculaire programma's zijn georganiseerd en hoe ze reageren op genetische verstoring in vivo. Zoals besproken in Hoofdstuk 6, kan dit kader ook toekomstige studies ondersteunen in onderzoek naar ziektemechanismen en in het fokken en de genetica van dieren, inclusief gerelateerd werk bij veesoorten.","summary":"Mammalian tissues are characterized by both shared and tissue-associated molecular programs, which together support fundamental biological processes and specialized physiological roles. In reproductive and metabolic tissues, the male reproductive tract and adipose tissues from both sexes exhibit pronounced spatial and functional heterogeneity, while retaining common transcriptomic features across related tissues. Targeted genetic perturbation offers an opportunity to investigate how these shared and tissue-specific molecular programs respond to altered biological conditions. A clearer understanding of baseline transcriptomic organization, together with the consequences of defined gene loss, is therefore essential for elucidating the common and tissue-associated regulatory features that coexist across mammalian systems. In this thesis, transcriptomic profiling of wild-type tissues, with a focus on gene expression and alternative splicing, was combined with CRISPR\/ Cas9-based knockout models to investigate transcriptomic organization under physiological conditions and transcriptional responses to genetic perturbation in vivo.\n\nThis thesis addressed two closely related themes. The first was the characterization of transcriptomic variation across wild-type mouse tissues, including the testis\u2013epididymis axis and major adipose depots in both sexes, with particular emphasis on gene expression and alternative splicing. The second was the investigation of transcriptional responses to targeted CD52 deficiency in knockout mice across the male reproductive tract and the liver in both sexes. CD52 was selected as the target gene because it has been reported in reproductive and immune contexts, and the resulting molecular responses were further examined for shared and tissue-associated response patterns. By integrating descriptive transcriptomic analyses with genetic perturbation studies, this thesis aimed to connect molecular landscape mapping with functional interpretation.\n\nChapter 2 characterized the transcriptomic landscape of the wild-type mouse testis, caput epididymis, corpus epididymis, and cauda epididymis. Comparative analyses revealed clear regional specialization along the male reproductive tract at both the gene expression and alternative splicing levels. The most pronounced molecular transition occurred between the testis and caput epididymis, consistent with the transition from spermatogenesis to post-testicular sperm maturation. Alternative splicing was active in all four tissues, whereas the overlap between differentially expressed genes and differentially spliced genes was limited, indicating that transcriptional and post-transcriptional regulation make partly distinct contributions to tissue specialization. These findings established a transcriptomic framework for understanding spatial regulation and coordinated molecular transitions along the mouse male reproductive tract.\n\nChapter 3 extended transcriptomic profiling to adipose biology through the construction of a multilayer atlas of three major adipose depots, gonadal white adipose tissue (gWAT), inguinal white adipose tissue (iWAT), and interscapular brown adipose tissue (iBAT), in both male and female mice. Integrated analyses of gene expression, alternative splicing, and co-expression patterns showed that transcriptomic differences among adipose depots within the same sex were more pronounced than sex-associated differences within the same depot, with sex-related differences being most evident in gWAT. These findings highlighted distinct multilayer transcriptomic patterns across adipose depots and sexes, thereby extending the thesis beyond the reproductive system toward a broader view of tissue specialization in mammalian biology.\n\nChapters 4 and 5 examined the transcriptomic consequences of CD52 deficiency using CRISPR\/Cas9-generated knockout mice. Chapter 4 focused on region-specific transcriptional responses to CD52 loss across the male reproductive tract. CD52-knockout males remained fertile and showed no obvious histological abnormalities; nevertheless, bulk RNA sequencing revealed clear region-resolved transcriptomic alterations across the testis and epididymal segments. The corpus epididymis, in particular, displayed a response pattern distinct from the other tissues, further highlighting regional heterogeneity in the molecular consequences of CD52 loss. Chapter 5 investigated the effects of CD52 deletion in the livers of male and female mice. No visible liver damage or lipid accumulation was observed, transcriptomic profiling revealed a broadly similar hepatic response in both sexes, characterized by consistent changes in genes related to cytoskeletal organization and motor protein function. Together, these chapters showed that deletion of a single gene can induce clear molecular responses that are largely shared across tissues yet retain region-specific features, even in the absence of obvious morphological or reproductive abnormalities.\n\nChapter 6 integrated these findings within a broader biological framework. The General Discussion emphasized that gene expression and alternative splicing represent two regulatory layers contributing to tissue differentiation and functional diversity, and that knockout based transcriptomic analyses can reveal molecular consequences of gene loss beyond overt phenotypic observation. Across the studies presented in this thesis, both baseline molecular organization and responses to genetic perturbation were influenced by tissue identity and physiological context.\n\nOverall, this thesis demonstrates the value of combining transcriptomic characterization under physiological conditions with targeted genetic perturbation to help understand tissue specialization and molecular regulation in mammalian systems. By linking descriptive and functional analyses across reproductive, adipose, and hepatic tissues, this work provides a broader framework for examining how tissue-associated molecular programs are organized and how they respond to genetic disruption in vivo. As discussed in Chapter 6, this framework may also support future studies in disease mechanism research and in animal breeding and genomics, including related work in livestock species.","auteur":"Huifang Kang","auteur_slug":"huifang-kang","publicatiedatum":"23 september 2026","taal":"EN","url_flipbook":"https:\/\/ebook.proefschriftmaken.nl\/ebook\/huifangkang?iframe=true","url_download_pdf":"https:\/\/ebook.proefschriftmaken.nl\/download\/9708499b-2a5f-4504-b189-88b078acbf6a\/highres","url_epub":"","ordernummer":"19243","isbn":"978-94-6534-539-0","doi_nummer":"10.18174\/682173","naam_universiteit":"Wageningen University","afbeeldingen":26823,"video_url":"","podcast_url":"","naam_student:":"","binnenwerk":"","universiteit":"Wageningen University","cover":"","afwerking":"","cover_afwerking":"","design":""},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/26822","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/us_portfolio"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media\/26823"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=26822"}],"wp:term":[{"taxonomy":"university_us_portfolio","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/university_us_portfolio?post=26822"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}