{"id":15251,"date":"2026-05-19T10:31:59","date_gmt":"2026-05-19T10:31:59","guid":{"rendered":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/portfolio\/bas-janssen\/"},"modified":"2026-05-19T10:32:18","modified_gmt":"2026-05-19T10:32:18","slug":"bas-janssen","status":"publish","type":"us_portfolio","link":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/portfolio\/bas-janssen\/","title":{"rendered":"Bas Janssen"},"content":{"rendered":"","protected":true},"excerpt":{"rendered":"","protected":true},"author":7,"featured_media":15252,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"us_portfolio_category":[45],"class_list":["post-15251","us_portfolio","type-us_portfolio","status-publish","post-password-required","hentry","us_portfolio_category-new-template"],"acf":{"naam_van_het_proefschift":"More than a phase","samenvatting":"Alle organismen bestaan uit cellen. Eukaryoten (dieren, schimmels, planten) hebben complexe cellen die op hun beurt uit gespecialiseerde compartimenten bestaan. Deze compartimenten heten organellen (van orgaan, plus het verkleiningsachtervoegsel -el, letterlijk orgaantjes). Organellen vervullen specifieke rollen, zoals DNA-opslag door de celkern, of energieproductie door de mitochondri\u00ebn. Om deze gespecialiseerde rollen mogelijk te maken zijn deze organellen omgeven door een membraan. Dit membraan functioneert als fysieke barri\u00e8re tussen de binnen- en buitenkant van het organel. Er zijn echter ook organellen zonder een dergelijk membraan, zoals het kernlichaam, een organel in de celkern. Dit soort organellen kunnen zonder membraan toch een interne omgeving cre\u00ebren en hun integriteit behouden, wat een gespecialiseerde functie mogelijk maakt.\n\nDe consensus is dat deze \u201cmembraan-loze\u201d organellen vormen door fasescheiding van eiwitten, vaak samen met nucle\u00efnezuren (d.w.z., DNA en RNA). Onder specifieke omstandigheden zoals hoge eiwitconcentratie of lage temperatuur kunnen deze moleculen ontmengen uit de oplossing. Dit leidt tot een mengsel van twee oplossingen, vergelijkbaar met een mengsel van olie en water. In de cel ontstaat dan een druppel rijk aan eiwit, ook wel een condensaat genoemd. Zo een condensaat kan vergelijkbare eigenschappen hebben als een door een membraan omgeven organel.\n\nIn de laatste 15 jaar zijn er steeds meer eiwitten gevonden die structuren vormen, die met de microscoop zichtbaar zijn. Vooral transcriptiefactoren, eiwitten in de celkern die betrokken zijn bij het bepalen van welk stuk DNA tot expressie komt, vormen dergelijke structuren. Er is een actieve discussie of deze structuren fasegescheiden organellen zijn, zoals hierboven beschreven, of dat ze vormen door een ander proces.\n\nEen groep van zulke transcriptiefactoren is de plant specifieke Auxine Respons Factoren (ARFs). ARFs be\u00efnvloeden genexpressie als reactie op het signaalmolecuul auxine, wat bij bijna elk groei- en ontwikkelingsproces van planten betrokken is. Het speelt bijvoorbeeld een centrale rol in gerichte groei van wortels naar zwaartekracht (gravitropisme) en van scheuten naar licht (fototropisme). In de parapluutjesmos Marchantia polymorpha vormen twee ARFs structuren: MpARF1 en MpARF2. Hoe deze structuren vormen, en wat hun functie is, is onbekend.\n\nDit proefschrift legt het fundament om deze vragen te gaan beantwoorden door te focussen op MpARF2. In Hoofdstuk 1 worden de onderzoeksvraag en wetenschappelijke achtergrond in detail beschreven. Om MpARF2 te bestuderen is gezuiverd eiwit nodig. Fasescheidende eiwitten zijn erom berucht dat ze lastig zijn om te zuiveren en mee te werken, vooral omdat ze voorbarig fasescheiden. Daarom beschrijft dit proefschrift in Hoofdstuk 2 een protocol voor het zuiveren en voorbereiden van MpARF2 eiwit en variant-eiwitten voor experimenten. Met deze gezuiverde eiwitten worden in Hoofdstuk 3 in vitro (testbuis) experimenten uitgevoerd om de neiging van MpARF2 tot fasescheiding vast te stellen. Deze neiging blijkt opvallend sterk. MpARF2 vormt ook zichtbare structuren onder omstandigheden waar geen fasescheiding plaatsvindt. Dit proefschrift noemt deze structuren \u201cclusters\u201d om ze te onderscheiden van fasegescheiden condensaten. Dit suggereert aan dat de MpARF2 structuren in M. polymorpha condensaten of clusters zouden kunnen zijn. De fasescheiding van MpARF2 is sterk afhankelijk van de Middle Region (MR) en het PB1 domein. Het effect van de aanwezigheid van DNA werd ook getest, aangezien MpARF2 functioneert door aan DNA te binden. Bij lage eiwit tot DNA verhoudingen voorkomt DNA fasescheiding, maar bij hoge eiwit tot DNA verhoudingen wordt het DNA in condensaten opgenomen. Opname van DNA vereist niet de herkenningssequentie van MpARF2, wat suggereert dat de DNA-opname aspecifiek is. Ten slotte wordt in Hoofdstuk 4 de relevantie van deze bevindingen in levende cellen onderzocht. Door MpARF2 te herintroduceren in een plant die geen MpARF2 produceert, wordt onderzocht of MpARF2 nog structuren kan vormen. Interessant genoeg kan MpARF2 met mutaties in het PB1 domein nog steeds structuren vormen in planten, terwijl dit buiten cellen fasescheiding remt. Hoewel we MpARF2 kunnen laten fasescheiden door het te overproduceren in protoplasten (ge\u00efsoleerde plantencellen), heeft fasescheiding geen effect op transcriptionele repressie. Hoofdstukken 3 en 4 suggereren samen dat fasescheiding geen relevant fenomeen is onder normale, ongestreste omstandigheden, wat de vraag opwekt waarom MpARF2 zo sterk fasescheidt. Ten slotte vat Hoofdstuk 5 de resultaten van dit proefschrift samen en bediscussieert deze, en geeft suggesties voor toekomstig onderzoek.","summary":"All organisms consist of cells. Eukaryotes (animals, fungi, plants) have complex cells that are themselves composed of specialized compartments, called organelles (from organ, plus the diminutive suffix -elle, literally little organs). These organelles fulfil specific roles, such as DNA storage by the nucleus, or energy production by the mitochondria. To enable such specialized roles, these organelles are surrounded by a membrane, a physical boundary between the inside and outside. However, there are also organelles without such a membrane. The most well-known example is the nucleolus, an organelle within the nucleus. Paradoxically, these organelles maintain a distinct internal environment and stay together, without a surrounding membrane. This enables specialized functions.\n\nThese membraneless organelles are understood to form by phase separation of proteins, often together with nucleic acids (i.e., DNA and RNA). Under specific circumstances, such as high protein concentration or low temperature, these molecules demix from the solution, forming two solutions similar to a mixture of oil and water. In the cell, this leads to a protein-rich droplet, or condensate, which can have properties similar to a membrane-surrounded organelle.\n\nOver the last 15 years, an increasing amount of proteins have been observed to form spatially concentrated assemblies. Particularly transcription factors, proteins in the nucleus involved in regulating which part of the DNA is expressed, often form such assemblies. However, there is active debate whether these assemblies represent phase-separated organelles as described above, or whether these form through a different process.\n\nOne such group of transcription factors is the plant-specific Auxin Response Factors (ARFs). ARFs regulate the response to the signalling molecule auxin, which is involved in almost every plant growth and development process. Auxin is best known for its role in controlling the directional growth of roots towards gravity (gravitropism) and of shoots towards light (phototropism). In the common liverwort Marchantia polymorpha, two ARFs form assemblies: MpARF1 and MpARF2. It is not known how these assemblies form, or what their functional consequences are.\n\nBy focusing on MpARF2, this thesis aims to lay the groundwork to start answering these questions. The research question and scientific background summarized above are described in detail in Chapter 1. To conduct studies on MpARF2, purified protein is required. Phase-separating proteins are notoriously challenging to purify for various reasons, but generally due to premature phase-separation, which can interfere with purification or experimental set-up. In Chapter 2, this thesis therefore first describes a protocol for purifying MpARF2 protein and variant proteins and preparing them for experiments. With this purified protein, in vitro (test tube) experiments are conducted in Chapter 3 to determine the tendency of MpARF2 to phase-separate, which is found to be remarkably strong. In addition, MpARF2 can form visible clusters in situations where it is not phase-separated, a process this thesis refers to as clustering to distinguish it from phase-separation. This suggests that the MpARF2 assemblies in M. polymorpha could be either condensates or clusters. The phase separation of MpARF2 is highly dependent on both its Middle Region (MR) and the PB1 domain. The effect of the presence of DNA was also tested, as MpARF2 functions by binding to DNA. At low protein concentrations, DNA prevents MpARF2 phase separation, but under high protein concentrations, DNA is incorporated into MpARF2 condensates. Incorporation does not require the MpARF2 recognition sequence, suggesting that DNA incorporation may be nonspecific. Finally, Chapter 4 explores the relevance of these findings investigated in living systems. By reintroducing MpARF2 into a plant which does not express this protein, its assembly-forming properties are probed. Interestingly, mutations in the PB1 domain do not affect assembly formation in plants, unlike in phase separation in vitro. Although it is possible to induce phase separation of MpARF2 by over-producing it in protoplasts (isolated plant cells), phase-separation does not affect its ability to repress transcription. Chapters 3 and 4 together suggest that phase separation is not a relevant phenomenon under typical, unstressed conditions, which raises the question why MpARF2 is so prone to phase separation. Finally, Chapter 5 summarizes and discusses the results of the thesis, and provides suggestions for future research.","auteur":"Bas Janssen","auteur_slug":"bas-janssen","publicatiedatum":"3 juli 2026","taal":"EN","url_flipbook":"https:\/\/ebook.proefschriftmaken.nl\/ebook\/basjanssen?iframe=true","url_download_pdf":"https:\/\/ebook.proefschriftmaken.nl\/download\/d0015c32-8a74-4c8f-84e6-1c80e53cceb9\/optimized","url_epub":"","ordernummer":"18916","isbn":"978-94-6534-411-9","doi_nummer":"","naam_universiteit":"Wageningen University","afbeeldingen":15253,"naam_student:":"","binnenwerk":"","universiteit":"Wageningen University","cover":"","afwerking":"","cover_afwerking":"","design":""},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/15251","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/us_portfolio"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/users\/7"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=15251"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/15251\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":15254,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/15251\/revisions\/15254"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media\/15252"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=15251"}],"wp:term":[{"taxonomy":"us_portfolio_category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio_category?post=15251"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}