{"id":15173,"date":"2026-05-18T13:14:23","date_gmt":"2026-05-18T13:14:23","guid":{"rendered":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/portfolio\/qi-yu\/"},"modified":"2026-05-18T13:14:41","modified_gmt":"2026-05-18T13:14:41","slug":"qi-yu","status":"publish","type":"us_portfolio","link":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/portfolio\/qi-yu\/","title":{"rendered":"Qi Yu"},"content":{"rendered":"","protected":true},"excerpt":{"rendered":"","protected":true},"author":7,"featured_media":15174,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"us_portfolio_category":[45],"class_list":["post-15173","us_portfolio","type-us_portfolio","status-publish","post-password-required","hentry","us_portfolio_category-new-template"],"acf":{"naam_van_het_proefschift":"The impact of a negative energy balance on porcine phenotypic and granulosa cell molecular responses","samenvatting":"Het algemene doel van dit proefschrift is het ophelderen van de regulatoire as die de energiestatus koppelt aan de ovari\u00eble functie. Ik richt me specifiek op murale granulosacellen (GC's), die essenti\u00eble voedingsstoffen en signaalmoleculen aan de o\u00f6cyt leveren. Het varken wordt gebruikt als experimenteel model, zowel als relevant studieonderwerp als een uitstekend reproductief model voor de mens. Varkens vertonen veel overeenkomsten met mensen wat betreft de lengte van de oestruscyclus, de grootte van de o\u00f6cyt en metabole kenmerken. Een negatieve energiebalans (NEB) tijdens de eerste lactatie is een algemeen erkende aandoening die energiestress veroorzaakt en de kwaliteit van de o\u00f6cyt bij primipare zeugen vermindert. Daarom richt het grootste deel van het onderzoek in dit proefschrift zich op primipare zeugen, die doorgaans een ernstige NEB ervaren tijdens de lactatie. Ovariums werden verzameld van zeugen met beperkte en volledige voeding twee dagen na het spenen, wat overeenkomt met de mid-folliculaire fase. Dit werk richt zich op het ophelderen van de transcriptionele en post-transcriptionele mechanismen waarmee de energiestatus de ontwikkeling van murale GC's moduleert, wat uiteindelijk de kwaliteit van de o\u00f6cyt be\u00efnvloedt, via specifieke regulatoire netwerken, sleutelgenen en post-transcriptionele kleine moleculaire mediatoren (microRNA's (miRNA's) en lange niet-coderende RNA's (lncRNA's)). In het laatste onderzoekshoofdstuk heb ik multipare zeugen bestudeerd om een vergelijkend inzicht te krijgen op fysiologisch niveau.\n\nTen eerste onderzocht ik het effect van energietekort op de genexpressie van murale GC's (hoofdstuk 2). De moleculaire mechanismen waarmee het energiemetabolisme murale GC's reguleert, waren tot nu toe slecht gekarakteriseerd. Ik gebruikte laser capture microdissectie (LCM) voor het verzamelen van pure murale GC's voor de toepassing van op unieke moleculaire identificatoren (UMI's) gebaseerde mRNA-seq. UMI's verbeteren de datakwaliteit door amplificatiebias te verminderen. Door middel van bio-informatica en statistische analyses werd de celcyclus ge\u00efdentificeerd als het meest be\u00efnvloede proces. De IGFBP7-AKT\/FOXO1-CDKN1A-celcyclus-as werd ge\u00efdentificeerd als een potenti\u00eble regulatoire as waarmee energie de celcyclus in murale GC's moduleert, bestaande uit twee onderling verbonden routes: de PI3K- en MAPK-routes.\n\nVervolgens richtte ik me op de rol van miRNA's (hoofdstuk 3) bij het reguleren van de functie van murale GC's. miRNA's kunnen genexpressie onderdrukken via mRNA-destabilisatie en\/of remming van translatie. Ik onderzocht of specifieke miRNA's deelnemen aan de regulatoire as die in hoofdstuk 2 is ge\u00efdentificeerd. Interessant is dat twee belangrijke miRNA's (ssc-miR-24-3p en ssc-miR-296-5p) waarschijnlijk bijdragen aan de voortgang van de celcyclus. De hoger tot expressie gebrachte ssc-miR-296-5p werd voorspeld de celcyclusremmer CDKN1A te targeten, terwijl de lager tot expressie gebrachte ssc-miR-24-3p werd voorspeld CDK1 te targeten, wat de voortgang van de celcyclus stimuleert. Dit expressiepatroon suggereert een geco\u00f6rdineerd regulatoir mechanisme dat de voortgang van de celcyclus vergemakkelijkt.\n\nDaarna verschoof ik mijn focus naar lncRNA's (hoofdstuk 4). Recentelijk zijn lncRNA's ook naar voren gekomen als cruciale regulatoren van genexpressie. Er werden in totaal 221 differentieel tot expressie gebrachte lncRNA's (DElncRNA's) ge\u00efdentificeerd die tot expressie komen samen met leden van de regulatoire as die in hoofdstuk 2 werd voorgesteld en die potenti\u00eble regulatoire interacties vertoonden. Onder hen vertoonden vier belangrijke DElncRNA's een sterke correlatie met celcyclusprogressie, follikelgrootte, verlies van lichaamsgewicht en verlies van de diepte van de lendenpspier, wat inzicht verschaft in het regulatoire landschap in murale GC's gerelateerd aan energietekort.\n\nIn het laatste onderzoekshoofdstuk (hoofdstuk 5) onderzocht ik of multipare zeugen, net als primipare zeugen, een NEB ervaren tijdens de lactatie die de follikelontwikkeling be\u00efnvloedt. Ik mat fysiologische conditieparameters, metabole hormonen en fysiologische kenmerken van follikels om een gemengd lineair regressiemodel op te stellen. De resultaten lieten zien dat de mildere negatieve energiebalans van multipare zeugen de follikelontwikkeling niet be\u00efnvloedde.\n\nDe conclusies en implicaties van mijn onderzoek zijn: Ik heb een transcriptionele atlas gegenereerd van meerlaagse RNA-crosstalk (mRNA\u2013miRNA\u2013lncRNA). Deze regulatoire atlas biedt de basis om op moleculair niveau te begrijpen hoe de energiestatus de murale GC-proliferatie en follikelontwikkeling be\u00efnvloedt, wat de weg vrijmaakt voor toekomstige toepassingen om reproductieve stoornissen te voorkomen en reproductieve resultaten te verbeteren. Ik benadruk ook de adaptieve metabole capaciteit van multipare zeugen om de follikelfunctie te behouden onder een milde negatieve energiebalans.","summary":"The overall aim of this thesis is to elucidate the regulatory axis linking energy status to ovarian function. I specifically focus on mural granulosa cells (GCs), which provide essential nutrients and signal molecules to the oocyte. The pig is used as the experimental model, both as a relevant subject of study and as an excellent reproductive model for humans. Pigs share many similarities with humans in estrous cycle length, oocyte size, and metabolic characteristics. Negative energy balance (NEB) during the first lactation is a well-recognized condition that induces energy stress and impairs oocyte quality in primiparous sows. Therefore, most of the research described in this thesis is on primiparous sows, which typically experience a severe NEB during lactation. Ovaries were collected from restricted and full fed sows two days after weaning, corresponding to the mid-follicular phase. This work focuses on elucidating the transcriptional and post-transcriptional mechanisms by which energy status modulates the development of mural GCs, ultimately influencing oocyte quality, through specific regulatory networks, key genes, and post-transcriptional small molecular mediators (microRNAs (miRNAs) and long non-coding RNAs (lncRNAs)). In the last research chapter, I studied multiparous sows to obtain a comparative insight at the physiological level.\n\nFirst, I investigated the effect of energy insufficiency on mural GC gene expression (chapter 2). The molecular mechanisms through which energy metabolism regulates mural GCs were thus far poorly characterized. I used laser capture microdissection (LCM) for collecting pure mural GCs for the application of unique molecular identifiers (UMIs)-based mRNA-seq. UMIs improve data quality by reducing amplification bias. Through bioinformatic and statistical analyses, the cell cycle was identified as the most affected process. The IGFBP7-AKT\/FOXO1-CDKN1A-cell cycle axis was identified as a potential regulatory axis by which energy modulates the cell cycle in mural GCs, consisting of two interconnected pathways: PI3K and MAPK pathways.\n\nNext, I focused on the role of miRNAs (chapter 3) in regulating mural GC function. miRNAs can repress gene expression through mRNA destabilization and\/or inhibition of translation. I investigated whether specific miRNAs participate in the regulatory axis identified in chapter 2. Interestingly, two key miRNAs (ssc-miR-24-3p and ssc-miR-296-5p) likely contribute to cell cycle progress. The higher expressed ssc-miR-296-5p was predicted to target the cell cycle inhibitor CDKN1A, while lower expressed ssc-miR-24-3p was predicted to target CDK1, which drives cell cycle progression. This expression pattern suggests a coordinated regulatory mechanism that facilitates cell cycle progression.\n\nNext, I shifted my focus to lncRNAs (chapter 4). Recently, lncRNAs have also emerged as critical regulators of gene expression. A total of 221 differentially expressed lncRNAs (DElncRNAs) were identified to co-express with regulatory axis members proposed in chapter 2 and exhibited potential regulatory interactions. Among them, four key DElncRNAs showed a strong correlation with cell cycle progression, follicle size, body weight loss, and loin muscle depth loss, providing insights for understanding the regulatory landscape in mural GCs related to energy insufficiency.\n\nIn the last research chapter (chapter 5), I investigated whether multiparous sows, like primiparous sows, experience a NEB during lactation that affects follicular development. I measured lactational body condition parameters, metabolic hormones, and physiological characteristics of follicles to establish a mixed linear regression model. The results showed that the milder negative energy balance of multiparous sows did not affect follicular development.\n\nThe conclusions and implications of my research are: I generated a transcriptional atlas of multilayered RNA cross-talk (mRNA\u2013miRNA\u2013lncRNA). This regulatory atlas provides the basis to understand at a molecular level how energy status affects mural GC proliferation and follicular development, paving the way for future applications to prevent reproductive impairment and improve reproductive outcome. I also underscore the adaptive metabolic capacity of multiparous sows to maintain follicular function under a mild negative energy balance.","auteur":"Qi Yu","auteur_slug":"qi-yu","publicatiedatum":"18 mei 2026","taal":"EN","url_flipbook":"https:\/\/ebook.proefschriftmaken.nl\/ebook\/qiyu?iframe=true","url_download_pdf":"https:\/\/ebook.proefschriftmaken.nl\/download\/cd0fe7d7-447a-486f-ad3a-481e235817e1\/optimized","url_epub":"","ordernummer":"18482","isbn":"","doi_nummer":"","naam_universiteit":"Wageningen University","afbeeldingen":15175,"naam_student:":"","binnenwerk":"","universiteit":"Wageningen University","cover":"","afwerking":"","cover_afwerking":"","design":""},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/15173","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/us_portfolio"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/users\/7"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=15173"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/15173\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":15176,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/15173\/revisions\/15176"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media\/15174"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=15173"}],"wp:term":[{"taxonomy":"us_portfolio_category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio_category?post=15173"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}