{"id":14905,"date":"2026-05-06T07:20:28","date_gmt":"2026-05-06T07:20:28","guid":{"rendered":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/portfolio\/valerie-van-ingen-buijs\/"},"modified":"2026-05-06T07:20:47","modified_gmt":"2026-05-06T07:20:47","slug":"valerie-van-ingen-buijs","status":"publish","type":"us_portfolio","link":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/portfolio\/valerie-van-ingen-buijs\/","title":{"rendered":"Valerie van Ingen Buijs"},"content":{"rendered":"","protected":true},"excerpt":{"rendered":"","protected":true},"author":7,"featured_media":14906,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"us_portfolio_category":[45],"class_list":["post-14905","us_portfolio","type-us_portfolio","status-publish","post-password-required","hentry","us_portfolio_category-new-template"],"acf":{"naam_van_het_proefschift":"Phyllosticta on Citrus","samenvatting":"Citrusvlekkenziekte (Citrus Black Spot), veroorzaakt door de schimmel Phyllosticta citricarpa, leidt tot aanzienlijke economische verliezen in de wereldwijde citrusproductie. Dit proefschrift presenteert een uitgebreid onderzoek naar soorten van het schimmelgeslacht Phyllosticta die citrus koloniseren. Via vier experimentele hoofdstukken behandelt het koolstofgebruik, genomische verschillen gerelateerd aan variaties in levensstijl, CRISPR\/Cas9-toepassingen en taxonomie.\n\nNa een algemene inleiding in hoofdstuk 1, onderzoekt hoofdstuk 2 de profielen van koolstofgebruik bij verschillende Phyllosticta-soorten, waarbij een hoge mate van gelijkenis werd gevonden, ongeacht een pathogene of endofytische levensstijl. Een opmerkelijke bevinding is de selectieve remming van pathogene soorten door suikerbietpulp (SBP) bij lage concentraties (0,25%), zelfs wanneer dit gemengd is met andere substraten zoals tarwezemelen. Dit effect, dat afwezig is bij niet-pathogenen, suggereert het potentieel van SBP als een duurzaam biologisch bestrijdingsmiddel. De specifieke remmende verbinding die verantwoordelijk is voor dit effect is echter nog niet ge\u00efdentificeerd. Daarnaast hebben we de CAZyme-repertoires van soorten met verschillende levensstijlen beoordeeld, maar vonden we slechts weinig variatie.\n\nHoofdstuk 3 verkent de genomische verschillen tussen pathogenen en endofyten, waarbij kleine variaties in genaantallen, uitgescheiden eiwitten en effectoren werden ge\u00efdentificeerd. We vonden verschillende genomische verschillen tussen soorten met verschillende levensstijlen, waarbij niet-geannoteerde pathogeen-specifieke orthogroepen interessante doelwitten vormen voor toekomstig onderzoek naar virulentie. We classificeerden Phyllosticta citrichinaensis als een soort met een tussenliggende levensstijl, aangezien het genomische en fenotypische kenmerken deelt met zowel pathogenen als endofyten. We gebruikten ook CATAstrophy om CAZyme-profielen van 116 Dothideomycetes-genomen op te helderen, en vonden geen duidelijke correlatie tussen het CAZyme-repertoire en de in de literatuur gerapporteerde levensstijl.\n\nHoofdstuk 4 ontwikkelt een 'proof-of-principle' CRISPR\/Cas9-protocol voor Phyllosticta via protoplasting en PEG-gemedieerde transformatie. We hebben het pH-modulatiegen palH uitgeschakeld, dat goed is beschreven in verschillende schimmels en waarvan bekend is dat het een rol speelt bij pathogeniteit. We namen een verminderde groeisnelheid waar in \u0394palH knockout-mutanten, maar vonden geen verschil in pH-modulatievermogen. Deze tool biedt de basis om pathogeniteitsgenen in Phyllosticta effectief te bestuderen, hoewel verfijningen de effici\u00ebntie zouden kunnen verbeteren.\n\nHoofdstuk 5 beslecht het taxonomische debat over P. citricarpa en P. paracitricarpa. Via fylogenomische analyses met gebruik van 3.000 'single-copy ortholog' genen en volledige genoomvergelijkingen, hebben we vastgesteld dat de verschillen tussen P. citricarpa en P. paracitricarpa variatie binnen de soort P. citricarpa vormen (infraspecifieke variatie). Verder hebben we de variatie in mitochondriale genoomassemblages van meerdere Phyllosticta-soorten beoordeeld en vonden we slechts minimale verschillen tussen de assemblages van P. citricarpa en P. paracitricarpa. Samen met het feit dat morfologische kenmerken overlappen, geven deze gegevens aan dat deze soorten als synoniemen moeten worden behandeld.\n\nDe discussie (Hoofdstuk 6) evalueert de voorgaande hoofdstukken, benoemt uitdagingen bij de classificatie van levensstijlen en debatteert over 'DNA-only' typebeschrijvingen. In het algemeen bevordert dit proefschrift ons begrip van Phyllosticta door genomische verschillen tussen levensstijlen bloot te leggen, CRISPR-instrumenten te presenteren en het taxonomische debat over P. citricarpa\/P. paracitricarpa op te lossen, wat de weg vrijmaakt voor verfijnde ziektebestrijdingsstrategie\u00ebn.","summary":"Citrus Black Spot, caused by the fungus Phyllosticta citricarpa, causes significant economic losses to global Citrus production. This thesis presents a comprehensive investigation into species of the fungal genus Phyllosticta that colonize Citrus. Through four experimental chapters, it addresses carbon utilization, genomic distinctions related to lifestyle variations, CRISPR\/Cas9 applications, and taxonomy.\n\nAfter a general introduction in Chapter 1, Chapter 2 examines carbon utilization profiles across Phyllosticta species, revealing high similarity regardless of pathogenic or endophytic lifestyles. A notable finding is the selective inhibition of pathogenic species by sugar beet pulp (SBP) at low concentrations (0.25%), even when mixed with other substrates like wheat bran. This effect, absent in non-pathogens, suggests SBP\u2019s potential as a sustainable biocontrol agent. However, the specific inhibitory compound responsible for this effect remains unidentified. In addition, we assessed the CAZyme repertoires of species with different lifestyles but found only little variation.\n\nChapter 3 explores genomic differences between pathogens and endophytes, identifying minor variations in gene numbers, secreted proteins, and effectors. We found several genomic differences between species of different lifestyles, where unannotated pathogen-specific orthogroups present compelling targets for future virulence studies. We classified Phyllosticta citrichinaensis as having an intermediate lifestyle as it shares genomic and phenotypic attributes with both pathogens and endophytes. We also used CATAstrophy to elucidate CAZyme profiles across 116 Dothideomycetes genomes, and found no clear correlation between CAZyme repertoire and lifestyle reported in literature.\n\nChapter 4 develops a proof-of-principle CRISPR\/Cas9 protocol for Phyllosticta via protoplasting and PEG-mediated transformation. We knocked out the pH-modulation gene palH, which has been well described in several fungi and reported to play a role in pathogenicity. We observed a decreased growth rate in \u0394palH knockout mutants, but found no difference in pH modulation abilities. This tool provides the foundation to effectively study pathogenicity genes in Phyllosticta, though refinements could improve efficiency.\n\nChapter 5 resolves the P. citricarpa and P. paracitricarpa taxonomic debate. Through phylogenomic analyses using 3,000 single-copy ortholog genes and whole-genome comparisons, we established that the differences between P. citricarpa and P. paracitricarpa constitute infraspecific variation within P. citricarpa. We further assessed variation in mitochondrial genome assemblies across multiple Phyllosticta species and identified only minimal differences between the assemblies of P. citricarpa and P. paracitricarpa. Together with the fact that morphological features overlap, this data indicates that these species should be treated as synonyms.\n\nThe discussion (Chapter 6) reviews the previous chapters, notes lifestyle classification challenges, and debates DNA-only types. Overall, this thesis advances our understanding of Phyllosticta by uncovering genomic distinctions between lifestyles, presenting CRISPR tools, and resolving the P. citricarpa\/P. paracitricarpa taxonomic debate, paving the way for refined disease strategies.","auteur":"Valerie van Ingen Buijs","auteur_slug":"valerie-van-ingen-buijs","publicatiedatum":"11 juni 2026","taal":"EN","url_flipbook":"https:\/\/ebook.proefschriftmaken.nl\/ebook\/valerievaningenbuijs?iframe=true","url_download_pdf":"https:\/\/ebook.proefschriftmaken.nl\/download\/b783ce42-0476-4f56-bb65-71586a434555\/optimized","url_epub":"","ordernummer":"18882","isbn":"","doi_nummer":"","naam_universiteit":"Wageningen University","afbeeldingen":14907,"naam_student:":"","binnenwerk":"","universiteit":"Wageningen University","cover":"","afwerking":"","cover_afwerking":"","design":""},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/14905","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/us_portfolio"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/users\/7"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=14905"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/14905\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":14908,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/14905\/revisions\/14908"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media\/14906"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=14905"}],"wp:term":[{"taxonomy":"us_portfolio_category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio_category?post=14905"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}