{"id":11606,"date":"2026-04-13T12:21:30","date_gmt":"2026-04-13T12:21:30","guid":{"rendered":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/portfolio\/yu-quan\/"},"modified":"2026-05-01T13:31:40","modified_gmt":"2026-05-01T13:31:40","slug":"yu-quan","status":"publish","type":"us_portfolio","link":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/portfolio\/yu-quan\/","title":{"rendered":"Yu Quan"},"content":{"rendered":"","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"author":8,"featured_media":14730,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"us_portfolio_category":[45],"class_list":["post-11606","us_portfolio","type-us_portfolio","status-publish","has-post-thumbnail","hentry","us_portfolio_category-new-template"],"acf":{"naam_van_het_proefschift":"Ecology and evolution of the order Chaetothyriales in search of human pathogenicity","samenvatting":"In dit proefschrift is een veelheid gegevens over ecologie, fylogenie en genomics over de orde Chaetothyriales bijeen gebracht en geanalyseerd om de evolutionaire route van deze fungi te kunnen begrijpen. Hierbij is bijzondere aandacht besteed aan vroegste evolutie en oorsprong van ziekteverwekkende eigenschappen voor de mens. Onze hypothese is dat de associatie van zwarte gisten met mieren belangrijke aanwijzingen bevat, als een vroeg stadium in een evolutie waarin stoffen met antimicrobi\u00eble eigenschappen een rol spelen.\n\nIn Hoofdstuk 1 is een algemene inleiding op het proefschrift, waarin vijf aspecten worden behandeld: taxonomie, ecologie, genomics, en pathologie van de Chaetothyriales, en in het bijzonder de relatie tussen stoffen met antibiotische werking en pathogeniteit.\n\nIn Hoofdstuk 2 worden drie methoden voor het in cultuur brengen van zwarte gisten uit de omgeving vergeleken. Selectieve isolatie met aromatische koolwaterstoffen blijkt een effectieve methode om de groei van algemene microbi\u00eble contaminanten te remmen, zodat de zwarte gisten tevoorschijn komen. We hebben een geminiaturiseerde versie gemaakt van een bestaande methode waarmee grote hoeveelheden monsters te analyseren zijn. Deze procedure bespaart tijd en ruimte, en kan verschillende monstertypen naast elkaar vergelijken.\n\nHoofdstuk 3 vergelijkt alle beschikbare soorten in de Chaetothyriales aan de hand van ITS en LSU sequenties, met een reconstructie in de vorm van een fylogenetische boom. Hieraan is ecologische informatie toegevoegd, alsmede geschatte tijd van evolutie met reconstructie van voorouder-eigenschappen. Tevens is een overzicht gemaakt van de nomenclatuur.\n\nHoofdstuk 4 beschrijft twee nieuwe soorten ge\u00efsoleerd uit karton-nesten van mieren. Twee stammen uit nesten in Thailand en Maleisi\u00eb bleken tot twee verschillende onbeschreven soorten te behoren. Morfologie, fysiologie en fylogenie wordt beschreven met basale genoom-data als ondersteuning voor de classificatie. De soorten zijn ge\u00efntroduceerd in een nieuw geslacht, als Incumbomyces delicatus en I. lentus.\n\nHoofdstuk 5 bevat een genomische vergelijking van een aantal mier-geassocieerde soorten zwarte gisten in domatia met die in karton-nesten. Genomische data van voorouder-soorten zijn van nut om de hypothetische vroege evolutionaire route van de soorten in Chaetothyriales te verbeteren, waarbij de associatie met mieren en hun omgang met onder meer aromatische koolwaterstoffen van belang is.\n\nHoofdstuk 6 bevat een finale discussie en conclusie. Als geheel bevatten de hoofdstukken een gedetailleerde beschrijving van de specifieke diversiteit in de Chaetothyriales, en hun unieke evolutie in de richting van het ontstaan van pathogeniteit voor de mens.","summary":"In this PhD thesis, data on ecology, phylogeny, and genomics were collected and analyzed\nin order to try to understand the evolutionary route of the species of Chaetothyriales,\nespecially the route towards infection and human pathogenicity. We hypothesize that black\nfungi associated with ants provide an important starting point for these studies, because ant\nnests are among the few natural habitats which have certain antibiotic properties.\n\nIn Chapter 1, a general introduction to the whole thesis from five aspects: Taxonomy,\necology, genomics, and pathogenicity of Chaetothyriales, and especially the relationship\nbetween toxic compounds and infection.\n\nIn Chapter 2, three methods which have been used to isolate black fungi are compared.\nEnrichment on aromatic hydrocarbon appears effective in inhibiting growth of ubiquitous\nmicrobial species and allows appearance of black fungi. We miniaturized the method for\nhigh-throughput purposes. The new procedure saves time, consumes less space and can\nprocess multiple samples simultaneously.\n\nChapter 3 applied all available species with representative sequences of LSU and ITS to\nconstructed an order level phylogenetic tree, combined with ecological information,\ndivergence time and evolutionary rate, ancestral character state reconstruction divergence\nto re-evaluate the order Chaetothyriales and provided an overview of nomenclature\n\nChapter 4 describes two new species isolated from ant carton nests. Two strains collected\nfrom ant carton in Thailand and Malaysia were found to represent hitherto undescribed\nspecies. Morphological, physiological, phylogenetic data and basic genome information are\nprovided for their classification. In conclusion, Incumbomyces delicatus and I. lentus were\ndescribed as new species based on morphological, physiological and phylogenetic analysis.\n\nChapter 5 describes a genomic comparison between some domatia and carton fungi. The\ngenomic data of these ancestral species may help to improve the early evolutionary route\nof the order Chaetothyriales and establish the possible relationship of ant association and\naromatic hydrocarbon degradation.\n\nIn Chapter 6, final conclution and discussion are provided. Overall, this paper conducts\nan in-depth exploration of Chaetothyriales, the results of this study provide evidence for\nspeculation on the evolutionary path and the emergence of pathogenicity in the order\nChaetothyriales.","auteur":"Yu Quan","auteur_slug":"yu-quan","publicatiedatum":"17 januari 2023","taal":"NL","url_flipbook":"https:\/\/ebook.proefschriftmaken.nl\/ebook\/yuquan?iframe=true","url_download_pdf":"","url_epub":"","ordernummer":"FTP-202604131218","isbn":"978-94-6469-126-9","doi_nummer":"","naam_universiteit":"Radboud Universiteit","afbeeldingen":14730,"naam_student:":"","binnenwerk":"","universiteit":"Radboud Universiteit","cover":"","afwerking":"","cover_afwerking":"","design":""},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/11606","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/us_portfolio"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/users\/8"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=11606"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/11606\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":11609,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio\/11606\/revisions\/11609"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media\/14730"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=11606"}],"wp:term":[{"taxonomy":"us_portfolio_category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.proefschriftmaken.nl\/en\/wp-json\/wp\/v2\/us_portfolio_category?post=11606"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}